В норме микрофлора составляет с организмом человека единую экологическую систему, называемую эндоэкологией, с колонизацией примерно 500 различных видов микроорганизмов. В организме человека нормальная (симбиотическая, индигенная, резидентная, или автохтонная) микрофлора присутствует постоянно и расселяется неравномерно: 77,5% ее присутствует в желудочно-кишечном тракте (ЖКТ); 12% находится на поверхности кожи и в более глубоких слоях; 5% в верхних дыхательных путях (трахея, бронхи и альвеолы обычно стерильны); 5% в мочеполовой системе: на наружных гениталиях, слизистой уретры, во влагалище (почки, матка, мочеточники, мочевой пузырь обычно стерильны) и 0,5% на конъюнктиве глаз.