Пять налоговых ловушек для аптечного бизнеса в 2026 году

Главные изменения 2026 года

С 1 января 2026 года в России стартовала масштабная налоговая реформа. Ее цель — расширить налоговую базу и увеличить бюджетные доходы. При этом налоговики все чаще действуют за счет автоматизированных систем, без затрат человеческих ресурсов. Клиенты из сферы аптечного бизнеса потянулись к специалистам за рекомендациями, чтобы глубже разобраться в законах, найти безопасные способы управления налоговой нагрузкой и избежать проверок.

«Ошибки, которые еще в прошлом году мы считали погрешностями, сегодня превращаются в серьезный сдвиг. Поэтому необходимо перестраивать процессы. Законодательство очень подвижно, мы уже не успеваем следить за этими изменениями, пропустить ничего нельзя», — сказала Инна Грекова.

Изменение № 1. Ставка НДС

С 1 января базовая ставка НДС увеличена с 20% до 22%. Все аптеки были обязаны своевременно перенастроить контрольно-кассовую технику и формировать кассовые чеки с учетом новой основной ставки.

Для лекарств и медицинских изделий сохраняется льготная ставка 10%. ФНС предоставила технический мораторий на I квартал 2026 года без проверки кассовых чеков.

 Изменение № 2. Лимит УСН

Это самое болезненное изменение для аптек. Лимит годового дохода для применения УСН без уплаты НДС снижен с 60 млн до 20 млн рублей. Аптека с ежемесячной выручкой от 1,667 млн рублей автоматически становится плательщиком НДС.

График снижения лимита:

• 2026-2029 гг. — 20 млн руб.;
• 2027 г. — 15 млн руб.;
• 2028 г. — 10 млн руб.

Инна Грекова отметила, что здесь ожидаются хорошие новости: в Госдуме появился законопроект, авторы которого предлагают откатить налоговую реформу назад, вернуть 20% вместо 22%, что поможет сдержать рост цен.

Изменение № 3. Взносы МСП

С 1 января отменен льготный тариф 15% страховых взносов для субъектов малого и среднего предпринимательства.

Новые тарифы взносов:

• 30% — до достижения предельной базы (2 979 000 руб.);
• 15% — свыше предельной базы.

Льгота сохранена только для приоритетных отраслей по перечню Правительства РФ. Включение фармотрасли в этот перечень пока под вопросом.

Изменение № 4. Эквайринг и МРОТ

Банковский эквайринг исключен из операций, освобожденных от НДС. Ранее применялась ставка 0%, теперь — 22% НДС. Это приводит к прямому удорожанию банковского обслуживания каждой транзакции.

С 1 января установлена новая величина МРОТ — 27 093 рубля. Рост МРОТ автоматически увеличивает издержки на расчет окладов, больничных листов, отпускных и страховых начислений.

Экспресс-тест рисков ФНС

Чтобы оценить риск назначения выездной проверки ФНС, можно воспользоваться пятью вопросами самопроверки:

1. Прием товара ведется без электронного УПД?
2. Премии провизорам выдаются наличными или без приказа?
3. Списание брака производится без акта комиссии?
4. Сдача субаренды (оптика/стоматология) происходит без контрольно-кассовой машины?
5. Находятся у вас несколько юрлиц под единым управлением?

Оценка уровня риска

Ловушки, которые влекут доначисления и штрафы

Ошибки, за которые в прошлом году только предупреждали, сейчас превращаются в доначисления и штрафы. Все дело в пяти слепых зонах, которые ФНС в 2026 году научилась видеть, как свои пять пальцев.

Ловушка № 1. Премии провизорам

Бонусы, которые выплачиваются «в конвертах», без локальных приказов или маскируются под «материальную помощь». Это создает риск санкций от ФНС. Налоговая может доначислить НДФЛ и страховые взносы за 3 года + штрафы 20-40%. Реальный пример из практики, приведенный на вебинаре, показал, что доплата может составить 1,7 млн руб. взносов.

Безопасным решением может стать перевод всех стимулирующих выплат в официальное поле с изданием регулярных приказов.

Ловушка № 2. Возвраты товаров

Суть проблемы в том, что оформление возвратов аптечной продукции от покупателей производится по устаревшим правилам без корректировки НДС. Это чревато потерей вычетов. ФНС систематически снимает налоговые вычеты при возвратах, что приводит к значительной переплате НДС.

Безопасное решение — настройка корректных бухгалтерских проводок и юридически чистого документооборота при возврате. Экономический эффект выражается в предотвращении потерь и экономии до 200 000 рублей в квартал.

Ловушка № 3. Транспорт

Одной из актуальных ловушек остается списание расходов на доставку медикаментов как «расходов на реализацию» без путевых листов и детализации маршрута. Риск в том, что налоговая теперь требует документы, запрашивает информацию о месте разгрузки/погрузки, фамилии водителя, аренде склада, договоре, путевых листах и т. п. Все это создает риск отказа в вычете. ФНС исключает затраты из расходов. Прямые потери аптеки могут составить 50 000-100 000 рублей ежемесячно.

Безопасное решение — внедрение цифровых или бумажных систем учета путевых листов с четкой расшифровкой адресов доставки. Внедрение корректного документооборота окупается за первый же месяц работы.

Ловушка № 4. Дробление бизнеса

Разделение сети на ИП/ООО для искусственного сохранения права на спецрежимы чревато доначислениями ФНС. Налоговая служба умеет выявлять единый вид деятельности. Есть 16 неопровержимых доказательств дробления бизнеса, среди них: единые бенефициары, номинальное руководство, централизованный банкинг, совпадение IP-адресов, единая IT-инфраструктура, общая телефония, централизованное лицензирование и др.

На сегодняшний день средняя сумма доначисления в стране составляет 64 млн руб. + штраф 20-40% + субсидиарная ответственность. Если суд докажет, что дробление делалось специально, умышленно, кроме субсидиарной ответственности (когда у компании нечего взять, обращаются к имуществу собственника) может последовать уголовное преследование по ст. 199 УК РФ (уклонение от уплаты налогов организацией). ФНС выигрывает 75% таких судов.

Новое в 2026 году: ФНС получила право делать выемку документов и данных ПК уже на этапе камеральной проверки.

Ловушка № 5. НДС при УСН

Если у аптеки выручка резко изменилась и превысила сумму 20 млн руб., она начинает выплачивать НДС. Риск здесь могут создавать необновленное программное обеспечение касс, то есть неправильные чеки, что равно штрафам.

Эксперт рекомендует обновить программное обеспечение касс до конца года и подать первую декларацию вовремя.

«Вывод сам собой напрашивается: проблема не в том, чтобы не платить, а в том, чтобы не переплачивать. У нас есть законные механизмы, которыми можно пользоваться, и мы стараемся их применять», — резюмировала Инна Грекова.

По материалам вебинара «Аптека 2026: 5 налоговых ловушек, которые съедают вашу прибыль уже сегодня», организованного СРО «Ассоциация независимых аптек»